Conformément aux préconisations du Document d'Objectifs, des Comité de Gestion sont organisés par secteur de marais qui se trouvent hydrauliquement déconnectés de la Vilaine (suite à l'installation de vannages). Ces Comités permettent aux gestionnaires des ouvrages hydrauliques de maintenir le contact avec les usagers des marais concernés, de discuter des modalités de gestion de ces ouvrages et de résultats de suivis environnementaux. Le cas échéant, ces modalités de gestion peuvent être réétudiées pour mieux répondre aux enjeux du marais considéré.
En tant que propriétaire et gestionnaire du vannage du Trévelo (situé à l'Etier, en limite de Péaule et Béganne) et de l'Isac (situé en limite de Théhillac-Fégréac), l'EPTB Vilaine anime les Comités de Gestion des marais du Trévelo et de l'Isac. Le Conseil Départemental d'Ille et Vilaine anime celui du marais de Gannedel (La Chapelle de Brain-Sainte Marie) et la Fédération des Pêcheurs d'Ille et Vilaine organise le dialogue territorial sur le marais de la Roche du Theil (Bains sur Oust).
Le découpage du site des Marais de Vilaine par logique hydrographique est schématisé comme suit: CARTE , à chaque entité des enjeux écologiques ont été identifié lors de l'élaboration du Document d'Objectifs : synthèse de l'état des lieux et du fonctionnement hydraulique par marais.
